Bien es sabido que es una de las partes más importantes, si no la más importante de cualquier templo cristiano. El altar es desde donde se realizan las liturgias.
En términos generales, para que un templo pueda ser utilizado como edificio religioso, necesita ser consagrado. En este caso, fue en 1226 cuando se realizó dicha consagración del altar, hecho que queda constatado en la piedra fundacional situada en el paño izquierdo de la capilla mayor, bajo el escudo de Carlos I.
En la inscripción leemos lo siguiente:
“HOC ALTARE EST CONSTRUCTUM IN HONORE BEATE VIRGINS MARIE SU ERA M CC LXIIII”
“ESTE ALTAR SE HA LEVANTADO EN HONOR DE SANTA MARÍA VIRGEN EN LA ERA DE 1264”
El año de 1264 se calculó con la nomenclatura del calendario Juliano, que fue anterior al Gregoriano, que es el que se utiliza en la actualidad. Ese año corresponde con el actual 1226.
Encontramos a cada lado el escudo de Carlos I, reconocible por el toisón de oro, el águila bicéfala y el blasón de castilla y león y su corona. También quedan restos del escudo de la orden cisterciense, en el paño izquierdo.
Escudo del Císter en Santa María de las Dueñas (Sevilla) 
Restos del escudo de la orden del Císter (izquierda) y escudo de Carlos I (derecha)