Existen varias puertas de acceso al templo, algunas cegadas por las necesidades del uso del Monasterio a lo largo de toda su historia.

Comenzaremos por la puerta principal de acceso en la época actual.

Se trata de la Puerta de los Difuntos. Esta puerta es originaria del siglo XIII, época en la que se construyó el Monasterio. La nave central sufrió un derrumbe en el siglo XVI, debido al impacto de un rayo en la cubierta.

Este derrumbe supuso el inicio de varios añadidos y reformas en el Monasterio: la reforma de la cubierta de la nave central sobre el coro, la sacristía del siglo XVI tras el altar y el cegamiento de la Puerta de Difuntos y la puerta situada bajo el coro llamada «Puerta del Cercado».

Al cerrar estos accesos, en la época abnegados de restos de la cubierta, abrieron un nuevo acceso junto al original, que se encuentra justo a la derecha de la Puerta de Difuntos.

Por su forma constructiva, vemos que se trata de una puerta de estilo clasicista, típica del siglo XVI, con un tímpano triangular cubierto por un frontón igualmente triangular, muy similar al de la fuente de la Sacristía, también reformada en el siglo XVI.

Puerta de Difuntos (siglo XIII) y puerta de acceso de Juan de Nates (siglo XVI)