En 1098, Roberto de Molesmes fundó el Monasterio Císter en Cíteaux, cerca de Dijon. Su sucesor, San Alberico, obtuvo en el año 1100 el reconocimiento de la nueva Orden por parte del Papa, otorgando al monasterio la protección de la Santa Sede. Pero sería el tercer abad, San Esteban, el que en 1119 dotó al Císter de una regla propia, conocida como la “Carta de Caridad”, en la que se establecían las normas comunitarias: total pobreza, obediencia a los obispos y dedicación al culto divino. En pocos años, la Orden contaba ya con 343 monasterios. La máxima benedictina Ora et Labora fue recuperada alternando rezos y trabajo, renunciando al lujo y a la decoración en las iglesias, implantando la sencillez en la vida monacal.
A finales del siglo XII la Orden experimentó la máxima prosperidad y expansión de su historia. Desarrollaron técnicas para hacer utilizables terrenos baldíos, crearon métodos de producción, y distribuyeron y vendieron grano y lana. Así mismo, expandieron la arquitectura gótica por toda Europa, y dedicaron tiempo y esfuerzo a recoger y copiar manuscritos para sus bibliotecas. A finales de la Edad Media, contaban con más de 700 abadías.